Ayşe Bibi Türbesi, tarih boyunca pek çok efsane ve rivayete ev sahipliği yapmış bir yapıdır. Türbenin dikkat çeken unsurlarından biri olan kuleler, hem mimari özellikleri hem de sembolik anlamları ile merak uyandırmaktadır. Bu kulelerin kökeni ve işlevi hakkında farklı yorumlar bulunsa da, Ayşe Bibi'nin hayatı ve türbenin tarihsel bağlamı, bu yapıları daha derin bir anlam kazandırmaktadır. Her bir kule, geçmişin izlerini taşırken, aynı zamanda dönemin inanç ve kültürünü de yansıtır.

Ayşe Bibi Türbesi'ndeki kulelerin anlamı hakkında farklı görüşler bulunmaktadır.

• Efsaneye göre, Ayşe Bibi'nin, Karahan'a gelin giderken zehirli bir yılan ısırığı sonucu hayatını kaybetmesi üzerine, sevgilisi Karahan tarafından yaptırılmıştır.
• Mimari açıdan, türbenin köşelerinde bulunan silindirik kuleler, kübik gövdenin kubbeyle örtüldüğü türbe örneklerinde sıkça görülür ve bu tür türbelerin en erken tarihli örneği olarak kabul edilen 9-10. yüzyıllara ait Buhara’daki Samanoğlu İsmail Bey Türbesi'ni hatırlatır.

Bazı araştırmacılar ise bu kulelerin, Karahanlılar devrine (840-1212) ait olduğunu düşünmektedir. Kulelerin tam anlamı hakkında kesin bir bilgi bulunmamaktadır.