Doğal etkenler, kalelerin yapısını zamanla şekillendiren önemli faktörlerdir. İklimsel koşullar, bitki örtüsü ve yer altı hareketleri, bu tarihi yapıları tehdit eden unsurlar arasında yer alır. Kalenin inşa malzemeleri, çevresel koşullara karşı ne kadar dayanıklıysa, o kadar uzun ömürlü olabilir. Ancak, bu etkenler, kalelerin estetik ve yapısal bütünlüğünü tehdit edebilir.

Doğal etkenler, kalelerin yapısını çeşitli şekillerde etkileyebilir:

• Nem ve tuzlanma: Yapıların zemininde ve duvar üstlerinde meydana gelen nem ve tuzlanma, harçların ufalanmasına ve cephe kaplama taşları ile iç dolguların kaybolmasına neden olabilir.
• Don olayları: Nemle birleşen don, yapıların yüzeyinde ufalanma ve gözeneklerde genişlemeye yol açabilir.
• Bitkisel gelişim: Yapılarda bitkisel gelişim, harçların çözülmesine ve taşların zarar görmesine neden olabilir.
• Erozyon ve toprak kayması: Yamaç toprağının kayması, yapı temellerinde büyük kayıplara yol açabilir.
• Tektonik hareketler: Kale duvarlarında büyük çatlakların oluşmasına neden olabilir.

Ayrıca, korumasız kalan kalelerde, define arayıcıları ve ziyaretçiler tarafından yapılan izinsiz uygulamalar da yapıya zarar verebilir.