Baklabostan Şelalesi, doğal güzellikleriyle göz kamaştıran bir alan olmasının yanı sıra, zengin bitki örtüsüyle de dikkat çekmektedir. Bu bölge, birçok endemik bitki türüne ev sahipliği yaparak, botanik açıdan önemli bir ekosistem sunmaktadır. Burada yer alan bitkiler, yerel biyoçeşitliliği destekleyerek, doğal dengenin korunmasında büyük rol oynamaktadır.

Baklabostan Şelalesi'nde bulunan endemik bitki türleri arasında Kazdağı Göknarı öne çıkmaktadır. Ayrıca, bölgede kızılcık ve kuşburnu gibi maki elemanları da yer almaktadır. Diğer odunsu bitkiler arasında çiğdem ve orkide gibi türler bulunmaktadır. Bu bitki türlerinin korunması ve türlerinin tükenmemesine dikkat edilmesi gerekmektedir.