Afyon, zengin mineralli sularıyla ünlü kaplıcalara ev sahipliği yaparak, hem sağlık turizmi hem de dinlenme amaçlı ziyaretler için cazibe merkezi haline gelmiştir. Bu doğal kaynaklar, şehrin her bölgesinde farklı özellikler sunmakta ve ziyaretçilerine şifalı bir deneyim yaşatmaktadır. Kaplıcaların sunduğu çeşitli terapötik olanaklar, hem fiziksel hem de ruhsal sağlık açısından önemli faydalar sağlamaktadır.

Afyon'un meşhur kaplıcaları arasında şunlar bulunmaktadır:

• Gazlıgöl Kaplıcaları. Şehrin kuzeyinde yer alır ve içindeki yoğun karbondioksit gazıyla bilinir.
• Heybeli Kaplıcaları. Bolvadin ilçesinde bulunur ve geniş mesire alanlarıyla dikkat çeker.
• Ömer ve Gecek Kaplıcaları. Şehir merkezine 15 km mesafede, Kütahya yolu üzerinde yer alır.
• Sandıklı Hüdai Kaplıcaları. Merkeze yaklaşık 60 km uzaklıktaki Sandıklı ilçesinde bulunur ve çamur banyosuyla ünlüdür.

Bu kaplıcaların suyunun romatizmal hastalıklara, cilt rahatsızlıklarına ve kas-iskelet sistemi bozukluklarına iyi geldiğine inanılmaktadır.